联盟组织机构设置为：理事长单位、理事会、专家委员会和秘书处。

理事长单位由理事单位推荐并选举产生。理事长单位主要负责协调、组织和服务。理事长单位作为联盟对外承担责任的主体，代表联盟与政府管理部门签订科技计划项目任务书等文件。联盟成员对外签署的其它文件可就具体事项出具授权委托书，由联盟理事长单位签署。联盟理事长单位为上海电器科学研究所（集团）有限公司。

理事会为联盟的最高决策机构，由联盟成员单位派出的现职人员组成。任职人员应为联盟成员单位法人代表或持有法人代表委托书的高层领导。

专家委员会为联盟技术决策机构。专家委员会主任、副主任由联盟理事长提名，经理事会通过后任职。专家委员会成员由联盟成员单位推荐，理事会批准并签订保密协议后秘书处备案。

秘书处为联盟理事会执行机构。联盟秘书处实行秘书长负责制，设秘书长1名，由联盟理事长提名，经理事会批准后任职。秘书长向理事会负责，秘书处工作人员由秘书长聘任。